洪案調查遲滯激起民怒，
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，馬英九總統昨天上午邀集行政院長江宜樺及國防部長高華柱會面，
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，拍板確定國防部與法務部進行跨部合作，
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，回應家屬及輿論要求第三方介入調查的訴求。
下午他在中常會上公開致歉，
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，要求高華柱本周五前提出「軍中人權保障改革」方案，
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，「讓真相公諸於世，
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，還洪家一個公道！」
馬英九表示，
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，身為三軍統帥，對於自己所領導的國軍部隊，發生這樣違法濫權、致人於死的案件，他非常痛心，也有責任向洪仲丘家屬及國人鄭重道歉，「我也有兒女，如果這個悲劇是發生在我們家，我也會和他們一樣悲痛與憤怒！」
輿論要求第三方介入調查洪仲丘案，府院及國防部原本堅持現役軍人涉案，不宜由地檢署介入。但是府方指出，由於案情出現湮滅證據等爭議，洪案相關涉案人起訴罪刑，已超出《陸海空軍刑法》的範圍，產生軍檢與檢調合作的空間。
馬英九希望藉由要求兩部合作，回應家屬及一九八五聯盟訴求，讓外界了解府院態度一致。這是跨越軍民分界合作的契機，雖然無法移轉管轄，但軍檢檢調積極合作，是有可能且必要的作法，這也是馬日前表示對洪案「管定了」的表徵。
馬英九說，「道歉完了，應該是行動的開始。」在個案部分，他要求軍法機關和司法機關全力合作、儘速偵辦；對於洪家要求公正第三方參與調查，國防部、法務部昨已會商建立合作平台，雙方將相互支援、全力以赴，屬現役軍人所犯《陸海空軍刑法》犯罪行為，應由軍法機關偵查審判，之外的則由司法機關偵查審判。
馬強調，在不妨礙偵查不公開原則的前提下，軍、司法單位應讓外界瞭解案件偵辦進度，對外界所提出的質疑，軍方不能迴避，必須積極回應說明，「一定要讓真相公諸於世，一定要對仲丘和他的家人做清楚而完整的交代，還洪家一個公道。」，