2009年林芳郁以台大人出任台北榮總院長，
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，遭前北榮院長出面聯合反對，
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，在風雨中上任，
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，匆匆已過6年。明年1月16日，
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，林芳郁任期屆滿，
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，將卸下院長一職；同時當過國內兩大龍頭醫院院長，林芳郁是第一人，走過這段路，林芳郁說，雖然來自不同文化，但接觸後發現相同的更多，更懂得相互欣賞、學習與合作。自嘲該讓賢了「我已經65歲啦！筵席總會結束，也該讓給別人了」，林芳郁笑說。回想起上任時的紛擾，林芳郁坦承是有些困難，那是因大家還不認識他，後來瞭解了，都會主動告訴他，「這件事在北榮可以怎麼做…。」原本預估花一年熟悉環境，沒想到才半年，就可推動想做的事。6年下來北榮改變了什麼？林芳郁含蓄分享一些他身邊的小故事。北榮因工友人數受限，清潔工作多委外，過去北榮員工跟清潔人員碰面是不打招呼的，他到北榮後，每早7點半前到醫院，都會碰到一位自閉症女孩在掃地，他都主動跟女孩打招呼，但那女孩不理他，一方面不知他是院長，另方面北榮員工本來就沒跟清潔人員打招呼的習慣。讓北榮更友善林芳郁就這樣唱獨角戲，跟清潔女孩打了2星期招呼。有天，女孩突然回過頭跟他打招呼，此後，每天都會主動打招呼，甚至幫他按電梯。「我用行動告訴同仁，委外清潔人員也是北榮員工」，因此北榮員工開始跟委外清潔人員打招呼，視彼此為同仁。 另一小故事，他說，他進電梯會讓女士優先，出電梯也是，「這是我在法國學的」。後來發現，北榮男同仁也漸漸這樣做，他覺得這樣很好；還有他上任後，固定時間都會帶同仁爬山，因為他要醫護同仁在照顧病患時，先重視照顧自己。明年赴歐旅行林芳郁說，有一天我們都會去別的地方，把不同文化帶入，「學習勇敢接納及面對，是我走這一遭最大的收穫」。卸任後會先去歐洲旅行，他黯然說，前陣子母親走了，到歐洲旅行是跟母親的約定，會履行承諾。至於接任人選，目前北榮三位副院長張德明、何善台及陳光國均為適任人選，其中今年1月自軍醫局長轉任的張德明呼聲最高，當時轉任北榮副院長時，即被視為是院長備胎。不過張德明說：「怎可能，會都還沒開。拜託！不可以害我。」，