菲律賓調查團廿九日勘驗廣大興28號漁船，
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，懷疑船頭黑色刮痕可能就是擦撞痕跡。由於這項事證攸關菲公務船是否出於自衛才開槍，
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，屏東地檢署不敢輕忽，
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，以兩船高度落差、噸位懸殊及「材質轉移」均與刮痕不符，
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，否認「衝撞」之說。
台菲平行調查第三天，
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，菲調查團南下屏東勘驗漁船。雙方對採證方式有默契，
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，屏檢主任檢察官謝志明說明，
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，在不破壞船體結構下，
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，菲方可以自由檢驗、拍照和鑑識；若涉及船體輕微破壞，
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，就由我方鑑識人員依菲方指示進行採集。
調查團一行八人，上午九時許抵達東港鎮大東華修船廠，先釐清漁船是如何遭菲公務船開槍掃射、洪石成中彈時的相對位置。我方安排船長洪育智、船員洪介上和印尼漁工三人登船協助重建現場，還原案發當時狀況。
菲方在洪育智等人引領下，記錄每個彈孔處並貼上紅標籤，也留下彈道比對的記號。觀察船身之後，要求我鑑識人員刮集三處可疑黑色擦痕，帶回菲國與公務船漆質比對，是不是衝撞導致的痕跡。
究竟是否為擦撞痕跡，我方依然定調「外觀沒有撞擊痕跡」。謝志明指出，之前鑑識組採證廣大興28號船身，就發現有八道大小不一刮痕，全是靠岸或海上航行留下的輕微擦痕，沒有凹陷、破裂等明顯碰撞痕跡。
謝志明也分析，菲公務船所謂撞擊痕跡接近水平面，廣大興號主要刮擦痕高出約一公尺左右，以當天風浪大小估算，不可能造成落差這麼大的撞痕；再說玻璃纖維製的廣大興號如果遭到六倍大鐵殼船撞擊，損傷應該更嚴重，初步排除兩船有撞擊情形。
不過，在司法互助程序上，屏東地檢檢察官仍就廣大興號的刮擦痕，對船長洪育智進行訊問。洪育智則說，除了漁船左方擦痕是當初台南鑑派小艇過來蒐集槍擊第一手資料刮到的，其餘是碰觸岸邊輪胎形成的擦痕。
至於菲方船漆鑑定結果，我方已要求同步掌握，一旦報告出爐也須提供給我方作為參考。另外，因漁船彈孔太多，菲方對廣船彈道比對一直持續到傍晚才結束。，