高鐵沿線受超抽地下水等因素影響，
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，彰化及雲林一帶地層下陷嚴重，
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，尤其雲林路段與台78線土庫路段交會處，
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，從2004年起下陷近80公分，
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，2011年一年內甚至下陷6.8公分，
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，讓高鐵橋墩出現差異沉陷超標的情況。公路總局2014年動工改建台78線土庫路段，
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，將路堤改建為橋梁，
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，成功減重9萬2000公噸，化解橋墩結構安全問題。公路總局指出，土庫段（22k+573至22k+840）改建工程，全長267公尺，一座三跨連續長240公尺的鋼箱型梁橋及兩端路堤段，總經費4.3億元，平均1公尺代價161萬元，主線橋梁工程已完工，預定明天開放通車。公路總局長趙興華說，台78線減重完成後，讓高鐵橋梁免於再做結構補強，有效強化高鐵跨越橋的穩定性，提高橋梁結構及行車安全。不過，受到今年乾旱影響，公路總局也擔心，會因超抽地下水，讓原本趨緩的沉陷情況在惡化，將嚴密監測中。公路總局第五區養護工程處副處長吳昭煌表示，改建位置在雲林土庫地層下陷最嚴重區域，當地由於地下水位下降，造成地層下陷，加上高鐵橋墩，以及路堤本身的重量，使高鐵跨越公路兩側的橋墩因差異沉陷出現裂縫，影響結構安全。吳昭煌說，為改善高鐵橋墩差異沉陷問題，公路總局將原有的台78線路堤土方移除，改為鋼結構橋梁，減重約9萬2000公噸，地底下土層還因此產生回脹0.17至0.87公分，讓橋墩差異沉陷情況趨緩，回復到警戒值以上。，