黃訴願被駁回後提起行政訴訟雖被判敗訴，
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，但上訴最高行政法院後，
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，認為公審會未踐行聽證程序，
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，且公投法未規定應持改變現狀立場才能提案，
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，判中選會需另作處分。黃昆輝就在2012年7月函請公審會認定，
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，但第17次審議會，
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，還是認定提案不合規定駁回ECFA公投案；黃不服，
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，再提訴願被駁回，
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，又提出行政訴訟。台北高等行政法院審理後，
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，認為公投審議會對公投提案成立與否，具實質的決定權限，公投法規定租稅不得作為公投提案，黃的提案內容涉及租稅，且主文與理由相互矛盾，被駁回並無不當，他上訴最高行政法院，昨被判駁回，全案定讞。，